后到张伯端《悟真篇》问世，“学仙须是学天仙，惟有金丹最的端”，把内丹学直指内丹金丹。 “更饶吐纳并存想，总与金丹事不同”，从金丹这一层次指出那些道教方术的不究竟之理。这就是吸收了佛家究竟圆满之理后，而金丹大成。至此，在性命双修的总纲指导下，按照不同阶段和不同次第，吸收易、释、道、儒、医的各家所长，尤其是儒家修身之德行，佛家明心见性已经相互补充，成为百姓大众的生活之道。后发展到门派林立的情形，实为一大幸事。如张伯端、石泰、薛道光、白玉蟾的“先命后性”的南派，王喆、马钰、丘处机的“先性后命”的北派，中和南北二派的李道纯的“中派”，陆西星的“东派”，李西月的“西派”，伍守阳、柳华阳的“伍柳派”，还有文始派、青城派、三丰派等，各门各派各著书立说，内丹典籍日渐繁多，功法门类齐备，内丹学已成为道教主流。
《金丹大要》：“凡有象者，终归于坏，惟道成者，神与道合，永却无坏”。促成内丹学发展和修真求道的是人们对有限生命和无常世事的思考，也正是人们认识到无常和有常，并认识到打破无常的方法，从而才有修真证道的发展与发扬。“永却无坏”的并非身体的色相，而是“神与道合”，所以，真元妙体，才是无上灵丹，才能离四大五蕴之生死，才是如如不动之金性。既然是真元妙体之性命双修，就得从究竟之理上，明白“形神俱妙”是指形神合一，而不是知炼命，不知炼性，知开关闭气，移动换鼎之法，不知性始真空，修出个形神还在，终不得解脱和究竟，这样所结的丹也是凡胎，所出之神还是意生身之凡神，几千年后还得堕落，就如黄龙禅师点悟吕洞宾修成阳神而不究竟时说他为“守尸鬼”一样，吕上仙悟后炼神还虚，修到自性上无染，成金丹大道。
我们从无极道体的灵光一动，实际上是妙化万有的灵动，明白了神与道合的金丹与“凡有象者，终归于坏”的真实含义，从内证道统更了解了内丹学理论体系的发扬与发展，这个内丹学的发扬与发展就把内丹的实修实证的问题解决了，那么我们人体内证的修真的丹，就是以精、炁、神为修炼对象。《道枢·众妙术》：“内丹之要，在于存其心，养其气而已。”存其心，是性，养其气是命。性命双修，也就是炼气炼神。只不过这个气是先天之气，也叫真炁，而不是凡气，凡气就是我们呼吸的空气，我们通过凡气炼气化精，再炼精化炁。这个精、炁、神才是我们炼丹的上药三品。
在性命双修的过程，始终贯彻着“顺则生人，逆则成仙”的顺逆（返）心法。“顺生”即是“道生一，一生二，二生三，三生万物”。无极生太极、太极生元阴阳二气，元阴阳二气生元精、元炁、元神，而三生万物。在我们躁动无知的凡夫身上，我们要从逆的方向返本还原，将性命还归虚无，回归生命大光明的本原生命力。修真证道并非是要修出一个什么东西出来，而是先从命功入手通过对精气神的修持，把人从后天凡夫这繁重攀缘不断的色身，把至身精华提炼出来，从而返回先天，在先天灵妙之中，再证得自性圆满。这个观点十分重要，很多人都有这样一个错误的见解，认为要修一个什么出来，佛也好，道也罢，都对性体和色身弄不明白，你让他懂得了自性真如人人本有，他似乎明白了，然后再说性色真空不二，都是一乘法，就又糊涂了。所以说真正修真的人知见一定要正确，没有正知见，就一定会走弯路，这就叫“知见不正，果一定迂曲”。《性命圭旨》：“道者神之主，神者气之主，气者形之主，形者生之主。无生则形住，形住则气住，气住则神住，神住则性珠明矣，命宝凝矣，元神灵矣，胎仙成矣，性命双修之道毕矣。”
在生命科学内证的内丹学发展过程中，有一个完善的生命科学内证程式，此程式叫逆返三关，尤其是修真的“炼精化炁，炼炁化神，炼神还虚”的次第程式。《正统道藏》是经历唐、宋、金、明几个朝代的多代帝王集全国之力工程巨大的编纂考究而来，可谓严谨严肃，绝不会胡乱一气，不是真知灼见不会入选。在这五千多部道书里面，都没有对这个炼精化炁、炼炁化神、炼神还虚的修真程式有所质疑，或者说另起炉灶。“以精、炁、神为修持对象”的炼精化炁、炼炁化神、炼神合虚的修真程式，基本上成为道家一致认同的公式，这个公式几千年无一改过，集任何旁门和左道方法后，都要归到这个程式上，至于如何炼气化精，那么各门各派各有不同的见地和方法，不深究，但都会归到这条金光大道上来，从而性命双修，成正道。本来这条大道，说二非真，都是自性圆满的不二法门，从命功炼起，也是脚踏实地，更懂得从易处入手，说到这里，对世人迷恋术数，贪妄外道和旁门感到无奈也遗憾，从古以来，未有以术度人而可以长生不死，得到解脱的，那些什么坐地飞腾法、纵地金光术、符咒通灵等延年却病，理或有之，但终不得究竟，还迷惑人心，那些修炼自身者都未明白真理，大多都是世俗之见地和名利心，大多未识长生之体，而窥其长生之用的术数之道。很多人说炼神还虚就已经是与虚空同体了，后面的炼虚合道是狗尾续貂，多此一举，那是道家人对佛家或者是对道体本身并没有明晰的认识，炼神还虚，还有一个虚空在，执在虚中一样不得究竟，要无虚可炼无虚可还，色空不二，直入究竟，就得炼虚合道，十方圆明，没有佛，没有道，没有众生，到真如本来，如如不动，如如来去。
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