发展了几年之后，来的人更多了，那几时间书舍看样子也搁不下这许多人了。顾宪成深切的感到我们现在必须要有一个固定的讲学场所了，将分散的人员、场地集合统一起来（这是不是有一点根据地的意思了），要有章程、要有规则还要有纪律。正值那时候统治者有意将一些前朝废弃的书院加以修缮，然后运用起来。于是乎，顾宪成充分利用这一契机，多方游说，终于在1604年，得到了常州知府和无锡知县的同意，同时也得到了各方学子的大力支持。

起初吧！顾宪成修缮了杨龟山先生祠（杨时，号龟山先生，宋代大儒，曾就讲于东林书院，这么说你们肯定还不认识杨时这个人，怎么说呢，就是当年程门立雪那个人）。而后又出资修缮了废弃的东林书院。修缮工作始于这年的四月十一日，竣于这年的重阳节。历时五个月，耗资1200余两白银。

首创者顾宪成出钱最多，同时策动绅商富贾捐钱，出了大力，理应成为东林书院的大股东，人称山长（山长是历代对书院讲学者的称谓。五代蒋维东隐居于衡山讲学，受业者称之为山长。元代于各路（一种行政区划，相当于省）、州、府设书院，立山长。明清沿袭元制）。

事情发展到这个时候，讲学的人有了，听学的人有了，用来讲学听学的场所也有了。按理说应该是万事俱备了吧。顾宪成认为光有这些是远远不够的，为了使这个书院更加正规，更加有文化气息，更加的贴合当时的时代背景。顾宪成给书院定下了宗旨和一些具体规章制度。宗旨大致为：1、举贤育才2、博采众长，不拘一家之言3、关心国事。概括为一句话就是书院的创办人顾宪成给题写的那幅妇孺皆知的对联：“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。”

重修后的东林书院，主要建筑有：书院大门、石坊、泮池、仪门、丽泽堂、依庸堂、典籍室、祭器室、左右长廊等。各堂室内桌凳案几、图书典籍、钟鼓祭器等及匾额楹联一应俱全。院内遍植松柏梓柳、桂梅桐竹等。整个书院环境清幽，是绝佳的讲学之地。

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