过了几天，史可法等人又来见崇祯，将最后的结果进呈崇祯，崇祯拿过奏本翻看，史可法便道：启禀陛下，锦衣卫合计逮捕796人，经过严审，确认无辜者264人，业已释放，其他罪犯，分为五等，曹化淳、李国英、魏光绪、黄斌卿、钱龙锡、祖可法、顾俊恩为主犯，判斩立决并抄家罚没一应财产，涉三族，族中一应男眷流放岭南，女眷没乐籍；二等从犯共152人，判斩监后并抄家罚没一应财产，家中男眷流放岭南，女眷没乐籍；三等胁犯共96人，判斩监后并抄家，各罚银1000两，家中十六岁以上男丁皆至辽东效力，其余不问；四等盲从犯共177人，判辽东效力，家中十六岁以上男丁皆杖二十，各罚银1000两，其余不问；五等归从犯共100人，判辽东效力，各罚银1000两。
听史可法说完，崇祯点点头道：就按此办理吧。接着他话锋一转道：不过朕觉得还有人有罪而未判。史可法忙道：还请陛下明示。崇祯便道：史可法，你可知罪？史可法慌得忙跪倒在地道：臣惶恐，臣万死！只是臣从未行此大逆不道之事，望陛下明察。
崇祯便道：都察院四位总理副臣，竟有两人牵扯其中，你少不了失察之罪，你可认罪？史可法这才松了一口气道：臣知罪，求陛下降罪。崇祯便道：朕便免了你理藩院尚书一职，并罚俸半年，可使得？史可法忙叩头谢恩，崇祯便让史可法平身，又道：此外，朕还要向诸位爱卿介绍一位同僚，宣吧。
王承恩便宣道：宣。随着话音，乾清宫的宫门开了一个缝，顾俊恩穿着正三品的补服进了殿，史可法看后大吃一惊道：你，你，顾俊恩？陛下，他，这...顾俊恩冲着皇上施了礼，然后又笑着对史可法说：察院有礼，如今我不叫顾俊恩，蒙陛下不弃，提我改名君恩，我定不忘陛下君恩，为陛下肝脑涂地，在所不辞，日后还望察院多多提携才是。
崇祯便道：在宣。王承恩便取出圣旨道：顾君恩听旨。顾君恩便忙跪下接旨，王承恩道：奉天承运皇帝，诏曰：擢顾君恩为理藩院尚书，钦此。顾君恩忙谢了恩。崇祯便让其他人跪安，留了顾君恩在殿内道：朕让你掌理藩院，是有件大事托付于你。顾君恩忙道：请陛下吩咐便是。崇祯便道：朕命你前往鞑子处，与鞑子议和，不过不能大张旗鼓，而是要秘密前往，朕会写道密旨给你，你带至洪承畴处，具体和谈事宜你们商量着办，朕只给你划一个道道出来，第一，目前的疆域不得变动；第二，可以开市，但是武器装备不在此列，而且要参照市舶司的贸易方式，流出纸币，流进黄金白银，不过你放心，朕会从市舶司调派专门的人手去协助你。另外，如果有可能，你要打探一下多铎的手下，一个叫方有度的人的下落，他的具体情况，你可以去问朱舜水，具体随行人员，协助你的人员也由朱舜水给你安排，你安心去就好，只需替朕换来五年辽东的平安，就算你大功一件，即便一时谈不成，也不要急，时间咱们耗得起。顾君恩忙谢了恩，便跪安去了。
顾君恩第二天便去见了朱舜水，入了府宅，一侧家丁手里捧着各色的文件在一旁伺候，顾君恩忙道：下官顾君恩参见内相。朱舜水并未起身，而是道：尚书大人说笑了，您乃正三品堂官，在下不过四品内官，岂能当此大礼。顾君恩陪笑道：内相大人深的陛下信任，岂能以品级论定。朱舜水这才停下手中的笔笑道：赶快坐，来人啊，上茶。
顾君恩这才坐下，抿了一口茶道：内相大人府上的茶也是极好的。朱舜水道：都是皇上的恩赏罢了，这几日空出些许官职来，正四品以下官员，陛下着翰林院和吏部议定，直接内阁发文任命就可，正四品以上官员也得跟吏部合议，上报皇上，你看看，忙的我是不可开交，让尚书大人见笑了。
顾君恩不由得肃然起敬道：皇上信任内相，也是内相大人的福气了。朱舜水便道：尚书大人此来，本官也知道了，来人啊，请两位过来吧。不多会儿，侍从带了两位官员，朱舜水便道：这位是市舶司郎中胡士昌，这位是理藩院郎中陈启龙，此次陪顾尚书北上。胡士昌和陈启龙忙冲顾君恩行礼，顾君恩慌的站起，朱舜水忙拉过顾君恩道：坐，坐。顾君恩才勉强坐下受了两人的拜，朱舜水便又令众人退下，将方有度之事仔仔细细说了一番，顾君恩听了是既怕又喜，喜的是皇上能把如此机密事让自己知晓，可见并不猜疑自己，怕的是皇上此次一是考察自己，二是自己知道了如此机密事，倘若处事不密，只怕日后死无葬身之地，以后更要如履薄冰，小心翼翼的为皇上办事了。
顾君恩便道：如此说来，这方有度却已是许久未通消息了？朱舜水道：正是，所以尚书大人此次务必好生打探一番才是。顾君恩便道：内相大人日后喊我君恩即可，如今咱们都是一心为皇上办事，岂非太生分了。朱舜水心领神会，笑道：如此，君恩老弟，我就孟浪了。顾君恩也笑道：楚屿兄，有礼了。朱舜水便问：君恩贤弟预备何日动身？顾君恩道：事不宜迟，明日便动身。朱舜水想了想，便起身从书桌上拿起一封信递给顾君恩说：我当年与洪总督还算有些交情，贤弟去了可将此信交给洪总督，自然了，我不过是谈些私情，想必皇上还有密旨给贤弟的，贤弟不必担心。两人又谈了些许，顾君恩才告辞，第二日，带着胡士昌和陈启龙往辽东去了。
五月二日，崇祯皇帝颁下旨意：擢冒辟疆为监察总理副臣，分管刑部；擢徐行忠为监察总理副臣，分管刑名院、大理寺；擢张国臣为监察总理副臣，分管肃政廉访院；调翰林院郎中金光辰为考功院尚书、王用予为肃政廉访院尚书、吕弼周为刑部尚书、刘若宰为左都御史；升翰林院郎中马世奇为翰林院左编修，分管都司、军司、学堂司，高弘图不在兼任；擢刘宗敏为京营护卫镇校尉；调王之心为内监司左提督、王德华为内监司右提督、擢王永祚为内监司监军所总领太监兼九门提督监军；原监察院监察总理副臣冒起宗请辞，准予致仕；厚葬殉国死难的方正化，准其陪葬皇陵。
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