崇祯又道：我水师不日即将发兵，届时你方可趁机反攻，不过西以大安溪为界，东以大浊水为界，倘若过界，视为与我大明为敌也！阿尔卡拉索唯唯诺诺，连连称是。

他走后，崇祯又对熊文灿说：咱们可以来个围魏救赵，令谭文率澎湖水师直发淡水城，正面应敌；在令郑芝龙率旧部向金门、澎湖挺进，自台南登陆，偷袭荷兰人后方！

一六二九年八月二十日，谭文、郑芝龙在福州举行祭天、礼地、祭江仪式，谭文率水师北上，郑芝龙率军南下，正式拉开了与荷兰人的战争序幕！

一连几天，不断又前方战况传来：郑芝龙率将士两万余人、战船数百艘自金门料罗湾向东挺进；二十二日晨，部队横越台湾海峡，陆续到达澎湖群岛；二十四日，郑芝龙大军驶抵柑橘屿海面时，突然刮起暴风，只好返回澎湖。而谭文部则按约定开始围攻淡水，但是荷兰人抵抗强烈，这次进攻西班牙人，荷兰海军上百艘战舰几乎全军出动，与澎湖水师在淡水以北海面上展开激战，谭文又派人多方催促郑芝龙出兵。

于是二十六日晚，郑芝龙亲率船队冒着暴风雨横渡海峡，于二十七日拂晓航行到鹿耳门港外，开始炮轰赤嵌城（即普罗民遮城），然后又利用涨潮的时机，在鹿耳门登陆。

郑芝龙兵分两路一路登上北线尾，一路驶入台江，准备在禾寮港登陆。郭怀一也率领义军不断破坏敌后设施，一方面又发动台湾的汉族和高山族百姓，百姓们箪食壶浆，慰问郑芝龙的部队。

在这种情况下，郑芝龙快速包围了赤嵌城，并割断了赤嵌城与台湾城（即热兰遮城）之间的联系。因为荷兰军队大部分都北上打西班牙人了，留守的荷兰人没想过明军竟然跟西班牙人站在了一起，见大军到来，惊恐万分，只能龟缩在城中；北上与谭文作战的荷兰主力听说老窝被抄了，士气顿时涣散，溃不成军，谭文便联合西班牙战船，在淡水海域全歼荷兰舰队，俘虏百余人，缴获战船四十余艘。

揆一此时手下仅有一千余人，还妄图据城坚守，郑芝龙便派人围住两座城，每日炮轰两个时辰，九月一日，台湾城守城阿尔多普投降，郑芝龙收复台湾城；谭文等击溃荷兰舰队后，立刻自淡水登陆，西班牙人由淡水沿西海岸南下，按照约定在大安溪屯驻，谭文则由淡水沿东海岸南下，过大浊水，一路收复花莲、台东等。

荷兰海、陆作战均告失败，赤嵌城已成为孤城，自九月三日起，郑芝龙根据崇祯指令，围而不打，不断劝揆一投降，但是揆一仍幻想范德龙会来救援，坚持不投降。

九月六日，荷兰殖民当局匆忙拼凑了700名士兵、10艘军舰，由雅科布率领，抵达基隆以南海域，郑芝龙派战舰应敌，雅各布见郑军战船阵容雄壮，踌躇不前，不等开战便仓皇后撤，在撤退途中因为风浪太大，竟然有五艘战舰触礁沉没。

崇祯随即写了一封亲笔劝降信交给揆一，信中道：此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。此处离尔国遥远，安能久乎？藩主动柔远之念，不忍加害，开尔一面:凡仓库不许擅用；其余尔等珍宝珠银私积，悉听载归。如若执迷不悟，明日环山海，悉有油薪磺柴积垒齐攻。船毁城破，悔之莫及！

此时赤嵌城被围已近半个月，荷军死伤千余人，能参加战斗的士兵仅剩一百余人，且弹尽粮绝，疾疫流行，形势已完全绝望。此时谭文也率军到达赤嵌城与郑芝龙部会师。揆一走投无路，只得投降。

一六二九年九月十日，荷兰驻台湾长官揆一签字投降，崇祯改台湾城为台南市、改淡水城为台北市，并派熊文灿在台北市接受揆一投降，并在台北市签署了《大明帝国与尼德兰王国关于台湾问题的议定书》，条约规定：双方停止一切敌对行动，并忘记仇恨；荷方将城堡、大炮、军用物资、商品和现金等交出，不得私自夹带，荷兰人只可携带返回爪哇所必需的食物、工具等；大明帝国释放所有荷兰俘虏，并允许荷兰士兵以扬旗、鸣炮、荷枪、击鼓、列队上船，尼德兰王国亦应释放大明帝国所有俘虏；凡在台湾定居之荷兰人，准许来去自由，仍在台湾定居者，须遵守大明帝国法律；尼德兰王国赔偿大明帝国军费六百万两白银；大明帝国许诺开放琼州行省，并授予尼德兰王国东印度公司西夷独家贸易中转权，尼德兰王国东印度公司须依从大明帝国法律照章纳税。

九月十五日，崇祯颁诏：在台湾设立台湾巡检司，归福建行省管辖；大安溪-大浊水以北地区以租借形式租借给西班牙人，在租借地设立台北市，作为台湾巡检司衙门治所；升台南市为台南港府，擢黄道周为台南港府知府，澎湖水师移防台南港府，不在驻扎福州港府；擢周立勋为台湾巡检司巡检，擢杨英为福建布政使、台湾巡检司布政使，擢何延斌为福建按察使、台湾巡检司按察使，擢郭怀一为台北市知州，并责令郭怀一遣散手下义军，令其各归乡里，由朝廷分拨土地、银钞，以安其居。

九月十六日，揆一率领卢斯杜南号、唐堡号和罗南号启程离开台湾，结束了荷兰在台湾近十年的统治！

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